L’hydre des agences publiques
« L’État s’est doté de plus de 1 200 établissements, organismes et agences complétant ou démembrant l’action publique. […] Notre objectif est d’en mener une revue complète, afin de vérifier que l’existence de ces organismes […] est toujours justifiée. » Ces mots pourraient être ceux de Sébastien Lecornu, dans le cadre de l’exercice budgétaire actuel. Ils remontent pourtant à mai 2019, quand Edouard Philippe s’exprimait devant l’Assemblée pour proposer des pistes d’économies. En effet, la France était alors sur le podium des pires déficits publics de la zone euro, et sa dépense publique s’élevait alors à 56% du PIB.
Sept ans plus tard, la situation n’a guère changé. La France est toujours sur le podium des pires déficits publics de la zone euro, avec une dépense publique sensiblement au même niveau (57% du PIB). Et bien sûr, l’archipel d’agences publiques en tout genre est toujours là. Un problème pourtant bien connu, qui révèle des maux plus larges qui traversent le fonctionnement de nos administrations publiques : complexification continue des organisations, dilution des responsabilités, dérives budgétaires et perte de lisibilité de l’action publique.
L’étendue du spectre des agences publiques est si large que pour mieux appréhender le sujet, il est préférable de se concentrer sur un domaine particulier. La santé est l’un des plus révélateurs.
En effet, au nom du principe de précaution, la France s’est dotée, dans le domaine de la santé, d’un véritable archipel d’agences et d’organismes dont les dysfonctionnements nombreux composent aujourd’hui un ensemble à l’action souvent incohérente. Les alourdissements successifs de la technostructure française ont ainsi conduit à ajouter des agences aux services centraux de l’Etat, puis des organismes de coordination aux agences, avant de superposer encore des hauts conseils à ces organismes de coordination.
Au-delà du coût financier, ces empilements peuvent aussi entraîner un coût sanitaire pour les patients. En diluant les responsabilités et en complexifiant l’écosystème bureaucratique, ils fragilisent nos capacités de réaction face à une épidémie. La simplification et la remise en cohérence de l’écosystème des agences sanitaires apparaissent plus pressantes que jamais.
Un problème connu de longue date, mais jamais résolu
Dès 2007, le Sénat appelait à « marquer une pause » dans la création ou la modification du dispositif de sécurité sanitaire, en raison de la « multiplication des agences sanitaires » et de la complexité croissante du système. Il relevait déjà à l’époque des difficultés d’articulation entre certaines institutions, citant notamment les compétences de la Haute Autorité de Santé, susceptibles de poser un problème avec celles de l’InVS. La chambre haute dénonçait également une succession de créations institutionnelles répondant davantage à des logiques de territoire ministériel qu’à une véritable architecture d’ensemble cohérente et pertinente. Quelques années plus tard, en 2011, l’IGAS recensait encore 14 organismes concourant à l’expertise sanitaire, avec des statuts variés, intervenant dans les champs de la santé, de l’alimentation, de l’environnement et du nucléaire.
Cette accumulation institutionnelle a été couronnée par une couche de coordination… entre des structures déjà censées coordonner. C’est ainsi que le Haut Conseil de la Santé Publique (HCSP) a lui-même pour mission de coordonner, « en liaison avec les agences sanitaires et la Haute Autorité de Santé », la production de l’expertise nécessaire à la gestion des risques sanitaires.
Autrement dit, le système ajoute des structures chargées d’articuler l’action d’organismes qui ont déjà, pour une part, vocation à organiser ou éclairer la décision publique. Cette logique d’empilement apparaît nettement dans l’organigramme 2024 du HCSP, qui affiche 16 instances ou agences sanitaires représentées, 5 commissions spécialisées, 8 groupes de travail permanents, 2 groupes opérationnels, 123 experts et un secrétariat général de 13 agents.
Des agences nombreuses, un budget élevé, mais une efficacité douteuse
Le coût financier de cet écosystème d’agences est considérable. En 2025, les principaux organismes nationaux de santé financés par l’Assurance maladie ont reçu plus de 1,2 milliard d’euros de dotations. Par ailleurs, les 18 Agences Régionales de Santé (ARS) représentent plus de 8 000 emplois et leur budget de gestion est financé à hauteur d’environ 800 millions d’euros par l’État et l’Assurance maladie. L’Agence nationale de sécurité sanitaire (ANSES), financée sur un autre périmètre, disposait quant à elle d’un budget initial d’environ 180 millions d’euros en 2025, avec un effectif de plus de 1400 équivalents temps plein travaillés.
À cette dépense questionnable s’ajoute un contrôle démocratique qui laisse à désirer. Le Sénat souligne ainsi que quinze organismes et fonds autonomes du champ sanitaire sont financés par la sécurité sociale via une procédure budgétaire dérogatoire, « laissant une place amoindrie au Parlement ». Il va jusqu’à qualifier la sécurité sociale de « financeur aveugle » : elle finance massivement plusieurs organismes, tandis que sa représentation dans leur gouvernance demeure faible, voire inexistante dans certains cas.
La Haute Autorité de Santé en offre un exemple révélateur, puisqu’aucun membre de son collège n’est désigné par une administration de sécurité sociale, alors même que celle-ci contribue très largement au financement de ces organismes. L’ANSES illustre une autre forme de distance avec le contrôle démocratique : aucun parlementaire ne siège à son conseil d’administration, et sa tutelle est éclatée entre quatre ministères : santé, agriculture, environnement et travail.
Derrière ces exemples se dessine un enjeu plus général de dilution des responsabilités, qu’il s’agisse des décisions prises, des activités menées ou des erreurs commises. La proposition de loi actuellement examinée au Sénat sur « l’agencification » de l’État pourrait ainsi constituer une occasion de renforcer le contrôle et la lisibilité de cet écosystème d’agences. Le texte prévoit notamment la suppression des ARS et le transfert de leurs missions à l’État, ainsi que le principe d’une administration de tutelle unique pour chaque organisme. Des propositions qui font directement écho aux interrogations soulevées par les dernières crises sanitaires sur la répartition des responsabilités entre ministère, agences nationales et structures territoriales.
Les ratés des agences publiques : des cas révélateurs
La crise du Covid a révélé au grand jour la fragmentation de l’expertise sanitaire française. Pendant la pandémie, l’articulation entre le Haut Conseil de la Santé Publique (HCSP), le Conseil scientifique, le Comité Analyse, Recherche et Expertise (CARE), le Comité scientifique vaccins et les Agences Régionales de Santé n’a jamais été véritablement formalisée. Le Sénat a ainsi relevé plusieurs chevauchements de compétences et d’interventions.
Quelques exemples : sur les enfants, les écoles et les établissements accueillant des enfants, une note du Conseil scientifique a coexisté avec plusieurs avis du HCSP. Sur les vaccins, une note commune d’instances ad hoc a été publiée en juillet 2020, avant qu’un rapport de la HAS ne traite du même enjeu à la fin du même mois. Sur les voyageurs et les retours de zones à risque, les avis du HCSP se sont également ajoutés aux interventions du Conseil scientifique. Face à cette dispersion, le Sénat a fini par proposer la création d’une « instance nationale d’expertise scientifique unique », chargée à la fois de conseiller les pouvoirs publics et de coordonner les expertises existantes. A l’heure actuelle, on peut encore se demander si toutes les leçons ont été tirées de cet épisode. La France est-elle réellement prête à faire face à une éventuelle prochaine crise sanitaire ?
L’imbroglio cacophonique autour de la cigarette électronique est encore plus emblématique. En 2014, la HAS rend un premier avis ne recommande pas la cigarette électronique comme option de sevrage aula cigarette classique, malgré sa plus faible toxicité. Deux ans plus tard, c’est le HCSP qui s’exprime sur le sujet, avec une position différente : la cigarette électronique peut aider à arrêter de fumer. Par la suite, cette position est approuvée par l’Académie nationale de médecine, qui rappelle en 2019 qu’en France, au moins 700 000 fumeurs ont décroché grâce à la cigarette électronique. Quant à l’ANSES, elle publie un rapport portant essentiellement sur les substances à surveiller dans les émissions de ces cigarettes électroniques, mais sans aborder le sujet du sevrage tabagique. En 2026, la situation reste confuse sur le sujet, avec trois agences différentes qui ont émis des avis, alors que dans certains pays il existe une institution scientifique centralisée, comme la FDA aux États-Unis. Pendant ce temps, on continue à accumuler du retard dans la lutte contre le tabagisme et sur l’évaluation de nouvelles substances : les sachets nicotiniques, qui font l’objet d’une évaluation scientifique produit par produit par la FDA américaine, ont été purement et simplement interdits en France. Et le taux de fumeurs quotidiens baisse plus vite aux États-Unis que chez nous.
Autre cas révélateur, les allers-retours institutionnels autour des agences et instances dédiées aux vaccins montrent aussi les hésitations permanentes de l’organisation sanitaire française. En 2017, la commission technique des vaccinations est transférée du HCSP à la HAS. L’objectif était plutôt de rationaliser l’ensemble, en recentrant l’expertise vaccinale dans une seule maison. Sauf que ça ne s’est pas passé comme prévu : la crise du Covid a conduit à recréer encore de nouvelles structures spécialisées autour de la vaccination, en particulier le « comité scientifique vaccins » et le « Conseil d’orientation de la stratégie vaccinale ». Autrement dit, après avoir cherché à rassembler dans une même agence les compétences sur le sujet des vaccins, on a de nouveau ajouté des instances ad hoc dès que la crise est survenue.
Par ailleurs, certains avis sanitaires formulés ont pu être controversés. En 2018, la HAS publie ainsi une recommandation de bonne pratique sur la borréliose de Lyme et les autres maladies vectorielles à tiques. Mais une fois cette recommandation publiée, coup de théâtre : plusieurs sociétés savantes pourtant signataires refusent publiquement de la cautionner, la jugeant insuffisamment fondée scientifiquement et craignant qu’elle mène à des prises en charge inadaptées. Cet épisode illustre les limites d’un système où la formalisation institutionnelle de l’expertise ne suffit pas toujours à créer un consensus clair, ni à garantir la confiance des acteurs concernés.
Conclusion
Avec plus d’un milliard d’euros de dépenses annuelles, des milliers d’agents, et des défaillances répétées, l’écosystème français des agences de santé n’est pas un détail négligeable. Le principe de précaution a trop souvent été dévoyé pour justifier indéfiniment la création d’organismes nouveaux. Une logique contre-productive : à force d’empiler les structures, elle peut même ralentir les capacités de réponse publique au moment même où la rapidité d’action est décisive. Une véritable application du principe de précaution devrait au contraire exiger une doctrine publique lisible, avec une chaîne de décision claire et une vraie responsabilité démocratique. Au-delà des enjeux sanitaires, se pose la question du coût de la complexité de cet écosystème. Qui n’est qu’une partie de la galaxie du millier d’établissements en tous genres censés appuyer l’action publique. Dans la période budgétaire actuelle, cette question semble difficile à ignorer. Reste à voir si la concomitance avec le calendrier électoral permettra l’effort nécessaire pour mener une profonde restructuration de la nébuleuse des agences publiques.
